U malých dětí může v případě hormonální abnormality léčba spočívat v injekcích Testosteron, jejichž dávkování a pravidelnost stanoví endokrinolog. Toto dobře dodržované ošetření zvětšuje velikost penisu. Pokud je mikropenis způsoben tkáněmi penisu, které jsou necitlivé na testosteron, tato hormonální léčba nemá žádný účinek.

Čím dříve je mikropenis detekován, tím rychleji je léčba zavedena, tím účinnější bude. Léčba může být také nezbytná kolem puberty. Po pubertě je hormonální léčba již neúčinná, protože tkáně již nereagují stejně.

Chirurgická léčba mikropenisu     

V dospělosti, když nebyl mikropenis léčen nebo když léčba nebyla dostatečně účinná, chirurgie je možné. Ne vždy však přináší přesvědčivé výsledky.

Úsek vazu visací penisu, který jde z penisu do stydké kosti. Penis nijak nemodifikuje, ale částečně ho odděluje od stydké kosti, takže vypadá delší. Pozorovaný přírůstek je 1 až 2 cm v ochablém stavu a 1,7 cm v erekci. Toto prodloužení je získáno za cenu nestabilního ztopořeného penisu, protože je hůře připojen k stydké kosti, což může ztěžovat pronikání.

THEautologní injekce tuku zahrnuje injekci tuku subjektu pod kůži jeho penisu. Penis to nijak neprodlužuje, ale opticky ho zvětšuje. Pouze část vloženého tuku není v průběhu času tělem absorbována (10 až 50 % v závislosti na subjektu). Resorpce může být nerovnoměrná a může vést ke vzhledu penisu „rosary“.

Mikropenis může mít značné psychické dopady, zejména v období dospívání je důležité, aby se dotyčnému pomáhalo a jeho pochybnosti byly brány v úvahu.