Projekt alergie na čokoládu jsou možné, i když jsou rares. Alergický jev v tomto případě pochází z kakaových bílkovin. Alergický člověk, který ji konzumuje, má pak potíže s dýcháním, má bolesti hlavy, vyrážky, tachychardii, svědění a pálení v žaludku.

Tyto příznaky lze pozorovat také u lidí, kteří jsou alergičtí na prvky tvořící čokoládu (ořechy, mléčné bílkoviny atd..), přestože na kakao nejsou samy o sobě alergické.